У структурі виховної роботи важливе місце займає студентське самоврядування, яке здійснюється за схемою: на рівні академії - це студентська рада та студентський профспілковий комітет; на рівні факультетів – студентські ради та студентські деканати; на курсах та в академічних групах – студентські ради. В гуртожитках – студентські ради.
Працюючи у самоврядних організаціях студенти максимально виявляють і реалізують свої творчі здібності, формують моральні якості, ініціативу, вчаться нести відповідальність за результати своєї праці.

Діяльність самоврядних органів  в академії визначається „Положенням про студентське самоврядування” , яке  спрямоване на розв’язання таких завдань: забезпечення і захист прав та інтересів студентів, виховання ініціативності, дисциплінованості, організованості, старанності у навчанні і праці, формування етичних та естетичних уподобань та  загальнолюдських цінностей.
Студентське самоврядування академії діє у тісному контакті з ректоратом, деканатами, Радою гуманітарної освіти та виховання, кафедрами, профкомом, радою ветеранів, музеєм академії, бібліотекою, гуманітарними кафедрами, а також зі студентами коледжів, що входять до складу академії.

Практична реалізація напрямів роботи студентського самоврядування розкривається у його повсякденній діяльності.

За ініціативою та за допомогою активних членів студентського парламенту і профкому в академії проводяться різноманітні заходи: посвята у студенти першокурсників, концерти художньої самодіяльності (до Дня працівника сільського господарства, новорічні вогники, до свята 8 Березня, до Дня закоханих і т.ін.), різноманітні конкурси - Студент року, КВК, Міс університетів Полтавщини, Краща студентська сім’я, фестивалі - Студентська весна, Софіївські зорі, Студентська республіка, вечори відпочинку, дискотеки.

Студентське самоврядування співпрацює з Радою ветеранів академії. Ними організовуються зустрічі з ветеранами війни, відвідування історичних пам’ятних місць Великої Вітчизняної війни, музеїв міста.

У гуртожитках працюють студентські ради, що проводять роботу з дотримання студентами правил і норм проживання, недопущення порушень дисципліни, організовують конкурси на кращу кімнату, секцію, гуртожиток, проводять спортивні змагання. Усі гуртожитки підключені до мережі Internet  та кабельного телебачення.

Студентська рада та студентський профспілковий комітет також є постійними ініціаторами проведення низки заходів направлених на боротьбу з палінням, наркозалежністю, ВІЧ-інфекцією, ні-абортам , за дисципліну і правопорядок,  проводиться шефська робота, створений і активно працює волонтерський центр „Пульс”, який постійно протягом року проводить акції милосердя .

Студенти академії постійно беруть участь у масових молодіжних проектах, які організовує Народно-демократична ліга молоді, Інститут демократичного суспільства, Європейська молодіжна ліга. Це такі проекти як „Студентська республіка”, „Студент року”, „Чужих дітей не буває”, „Діти – дітям”, „Від  серця до серця”  та інші.

В академії відпрацьована чітка система взаємодії між ректоратом, деканатами, громадськими організаціями та студентським самоврядуванням.

Лідери студентського самоврядування є представниками своїх організацій у складі Вчених рад академії та факультетів у Раді гуманітарної освіти і виховня, у раді бібліотеки, раді музею,складі профкому.

Ініціатива студентства розглядається, підтримується і розвивається. Діяльність органів самоврядування постійно висвітлюється у академічній пресі, та  на студентському сайті.