Наукова робота є складовою частиною підготовки агрономів – вона повністю відповідає профілю спеціальності.

Перш за все – це селекційна робота, яка понад 30 років ведеться в лабораторії селекції  пшениці озимої, – перетворена у Науково-дослідний науковий центр “Інститут агрономії”.

Науково-дослідний селекційний центр Полтавської державної аграрної академії розпочав свою роботу в 1972 році як лабораторія селекції пшениці озимої  під керівництвом доктора біологічних наук, професора М.М. Чекаліна та кандидата сільськогосподарських наук В.І. Москаленка. Обсяг селекційних інтересів із того часу постійно розширювався, до селекційного  процесу були включені й інші культури: горох, соя та просо. Багаторічна селекційна практика, наукові розробки та створені сорти органічно привели до створення в 2001 році науково-дослідного інституту агрономії. В 2006 році, в зв’язку з розширенням наукової роботи та селекційної практики, виникла необхідність заснування в рамках НДІ агрономії окремого структурного підрозділу – науково-дослідного селекційного центру.

На сьогодні в центрі працює 18 наукових співробітників, з яких 2 доктори наук, 2 кандидати та 2 математики-програміста, аспіранти. Польова лабораторія та відділ насінництва центру знаходяться в учгоспі „Ювілейний” ПДАА, де дослідницькі поля займають площу 85 га. Директор центру – доктор сільськогосподарських наук В.М. Тищенко.

Високопродуктивні, високоякісні, високозимостійкі сорти пшениці озимої вивели заслужений працівник сільського господарства України, доцент Василь Москаленко, професор Григорій Жемела, старші наукові співробітники Ніна Марчук, Григорій Лаврінець. Це — Коломак 3, Коломак 5, Українка полтавська, які занесені до Держреєстру сортів України.

У Інституті ведеться селекція сортів безлисточкового гороху, стійких до вилягання і осипання (професор М.М. Чекалін). Створені в академії сорти гороху Норд, Полтавець 2 – одні з кращих сортів, районованих в усіх зонах виробництва України. У 2000 році передані у державне сортовипробування сорти Олеко, Зіньківський (з високим потенціалом врожайності). За розробленою програмою ведеться створення нових сортів гороху продовольчого напряму, які вводяться у виробництво. У 2004 році внесений до реєстру сорт проса, створений в академії, – Полтавське золотисте (автори сорту професори М.М. Чекалін і В.М. Тищенко), що має високий потенціал врожайності, ультраскоростиглий, стійкий до висипання, вилягання і придатний до однофазного збирання. З пшениці озимої, гороху, проса створено унікальний селекційний матеріал, що характеризується морозо- і посухостійкістю, високою врожайністю, якістю зерна та іншими господарсько корисними ознаками. Реґіональна селекційна робота забезпечує Полтавщину конкурентоспроможними та адаптованими до стресових умов цього реґіону сортами. Окремі викладачі академії за наукові здобутки удостоєні премії Національної академії наук України. Так, професор М.М. Чекалін став лауреатом премії ім. В. Юр'єва, а доценти В.М. Самородов та С.В. Поспєлов – лауреатами премії ім. Л.П. Симиренка.

Сорти сільськогосподарських культур центру, включені до державного реєстру сортів рослин України

У створеній в 1997 році лабораторії мінералізованих (пластових) вод професором П.В. Писаренком та іншими розроблена технологія екологічно безпечних заходів боротьби з бур'янами сільськогосподарських культур із використанням мінералізованої (пластової) води. Почалося впровадження мінералізованих пластових вод у виробництво. Розроблені ресурсозберігаючі технології основного обробітку ґрунту під сільськогосподарські культури. В 1998 р. Держпатентом України внесене позитивне рішення на видачу патенту України № 24969 "Засіб боротьби з бур'янами" (Писаренко В.М., Самородов В.М. та інші). Нині на базі цієї лабораторії відкрито Полтавську лабораторію агроекологічного моніторинґу Інституту агроекології УААН (м. Київ). За цикл наукових робіт “Розробка наукових засад і практичних рекомендацій з формування екологічно збалансованих агроекосистем” П.В. Писаренко та А.В. Калініченко в 2006 році стали Лауреатами премії президента України для молодих вчених.

Значні роботи проводяться з інтродукції малопоширених плодових і лікарських рослин; розпочата селекційна робота з деякими видами ехінацеї.

Науковцями кафедри екології і ботаніки в співпраці з вченими-ботаніками Полтавського державного педагогічного університету їм. В.Г. Короленка завершена комплексна робота з вивчення рослин, які підлягають охороні на Полтавщини. Підсумком її стало видання книг: "Збережи, де стоїш, де живеш. По сторінках Червоної книги Полтавщини. Рослинний світ" та "Заповітна краса Полтавщини" Одним із авторів цих книг є в.о. доцента В.М. Самородов, який, до речі, обіймає також посаду голови Полтавського відділення Українського ботанічного товариства.

Доктором сільськогосподарських наук, професором Миколою Осадчим на факультеті була створена школа землеробів. Із неї вийшло 25 докторів і кандидатів наук, а Віктор Сайко – директор Інституту землеробства УААН, став академіком. Далеко за межами України відоме ім'я академіка НАН України М.М. Гришка – видатного вченого-ботаніка, генетика і селекціонера, колишнього директора Інституту ботаніки НАН України, засновника низки наукових установ, з-поміж яких – найбільший у Європі Національний ботанічний сад НАН України, що носить нині ім'я вченого. Ми пишаємося й іншими випускниками – академіками та членами-кореспондентами різних академій України, Росії, Казахстану. Серед них такі відомі вчені як академік РАСГН, заслужений діяч науки Російської Федерації, знаний селекціонер  жита озимого, автор кращих його сортів А.О. Гончаренко; член-кореспондент АН Казахстану Л.Г. Добрунов; академік ВАСГНІЛ, колишній директор Всеросійського НДІ селекції і насінництва овочевих культур П.Ф. Сокол, академік УААН, директор Інституту садівництва УААН П.В. Кондратенко. Загалом докторами і кандидатами наук із 8500 випускників агрономічного факультету стали понад 300 осіб.

Сьогодні проблеми землеробства, особливо біологічного, цікавлять багатьох науковців факультету, перш за все професорів В.М. Писаренка, М.М. Чекаліна, П.В.Писаренка, Опару М.М.

Одними з перших у колишньому СРСР викладачі факультету почали дослідження з проблеми локального внесення добрив – доценти Л.Л. Омельянюк, Л.Л. Рубановський, М.В. Чуб. Їх вихованець і послідовник доцент П.І. Воропін значно розширив масштаби досліджень включивши в наукові програми проблеми енерґо- та ресурсозбереження.